吸入结晶硅是有害于肺，引起矽肺。非晶二氧化硅具有毒性低，但长期吸入到肺部引起的变化。硅藻土主要是非晶硅，但具有一定的结晶二氧化硅，尤其在咸水形式。在工人的研究中，那些暴露于天然产物在过去的5年中没有显著的肺的变化，而有了那些暴露在煅烧后形成40%尘肺。今天的共同产物配方作为他们主要是由非晶硅和二氧化硅结晶含有很少或根本没有安全。

对产物结晶二氧化硅含量的调节，在美国由职业安全与健康管理局（OSHA），还有从准则美国国家职业安全与健康研究所设置在产品允许的大量（1%），在工人的呼吸区域的空气，以推荐的暴露限值在6 毫克/米三在8小时工作日。OSHA设定允许暴露极限硅藻土作为20 mppcf（80 毫克/立方米）。在3000 毫克/立方米的水平，硅藻土对生命和健康有立即危险。

在上世纪30年代，长期暴露在石英D.E.产业工人暴露于高水平的空气结晶二氧化硅在几十年中被发现的风险增加了矽肺。

今天，工人需要使用呼吸防护措施时，矽尘浓度超过允许水平。

硅藻土生产池过滤器具有很高的热处理（煅烧）和熔剂（苏打灰），使原本无害的无定形二氧化硅承担其结晶形式。

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